Ao eleger os saberes como seu primeiro objeto de estudo, Foucault não pretendeu estudá-los com o fito de elaborar uma nova
história das idéias ou das ciências. Não eram os saberes legitimados que instigavam a sua verve de pesquisador, mas principalmente aqueles que foram desqualificados pelo projeto
iluminista. Mais do que isto, ele se propunha a verificar como se deu esse processo de legitimação de uns saberes e desqualificação de outros. Para tanto seria imperioso um método que lhe possibilitasse promover escavações em ruínas abandonadas pela razão
instrumental iluminista, nas quais estavam soterrados discursos e práticas que poderiam levar à compreensão do processo de legitimação e desqualificação de saberes, entre as épocas clássica e moderna.Esse método deveria centrar a sua atenção em fontes primárias, ao invés de em obras consagradas dos grandes pensadores formuladores da época moderna. Foucault avocou a tarefa de um arqueólogo, de um caçador e decifrador de fontes primárias. Seu alvo principal eram as microhistórias dos documentos, dos discursos, das proposições elaboradoras de práticas cotidianas. As fontes primárias, em geral, estão mais próximas da realidade dos que as idéias e as teorias gerais que buscam explicar e ordenar a vida social. Não raramente, as fontes primárias não se coadunam com essas idéias e teorias, como Foucault observou em suas investigações. A história tornada ciência pelo Iluminismo, pela vitória da razão instrumental, tem a pretensão de ser universal. Foucault , influenciado por Nietzsche, deixou-se levar por outra visão de história, marcada por idas e vindas, descontinuidades, legitimações e desqualificações de saberes.