No fim do período Heian, em 1185, o enfraquecimento do governo central japonês foi tal que gerou grandes e numerosos conflitos
entre os senhores feudais e líderes religiosos, disputando poder e criando um cenário perfeito para o uso de espiões e assassinos para eliminar adversários políticos. assim nasceu a maioe era de convulsão política da história do japão, chamado de Período Kamakura, conhecida também como a era dourada do Ninjutsu.
A ditadura militar chamada de Shogunato nasceu durante este período, sendo o imperador mera figura decorativa. Junto com Shogunato o guerreiro samurai ascendeu ao poder assim como sua religião. o Zen Budismo, que fixou o alicerceda cultura samurai. Contudo os samurais e os
ninjas estavam em extremos opostos, pois a utilização de agentes ninjas com seus talentos mais que especiais, bem conhecidas por alguns daimyo ( senhores feudais) parecia ser a solução idea para livrarem-se de seus oponentes.
Governando suas áreas e fazendo suas próprias leis, os senhores feudais deixavam seus postos para guerriar, deixando seus fiéis samurai assegurando o cumprimento de suas ordens. Devido á demanda de informações sobre movimentos de tropas, o uso de espiões ninjas tornou-se lugar comum, pois suas táticas resultavam sempre da informação certa para o ouvido certo.
Logo os senhores feudais descobriram que um ou dois agentes ninjas, colhiam mais informações do que um exército inteiro de samurais.
Sob a proteção da escuridão ou disfarçados de sacerdotes, moviam-se livremente pelas fortalezas inimigas reunindo informações diversas.
Num curto espaço de tempo os ninjas logo passaram a ser essenciais para o serviço de inteligência.
Na era dourada do Ninjutsu os clãs ninjas floresceram em cerca de 70 escolas de setores (ryu), cujas principais fortalezas centravam-se nasprovíncias de Igui e Koga.
Conhecidos como Shinobi, cada clã praticava uma especialidade de espionagem e uso de certos armamentos que eles mantinham em segredo e transmitiam através de gerações só aos membros de sua própria família. O Koppojutsu, uma técnica de quebrar ossos era a favorita do clã Koto. A família Fudo desenvolveu um implemento de arremesso em forma de estrela chamado Shuriken. A espionagem em escala elaborada era a marca do clã Kusonoki e o grande clã Togakure adotou a Shuko e tetsubishi ( garras e apoios para escalar), Em Igui as duas maiores famílias Hattori e Oe governavam em conjunto, enquanto em Koga governavam os clãs Mochizuki Ukai e Nakai.
Pelo século 14, tendo crescido em grande número, tornaram-se grandes adversários do governo. Somente o nome ninja era suficiente para pôr medo na aristocracia, pois surgiam em massa e assassinavam o daimyo que estivesse contra eles, derrotando seus exèrcitos com facilidade. A disputa pelo poder entre famílias de nobres e samurais no governo da família de Ashikaga, levou o japão á uma inevitável guerra civilem 1.500. Os próximos cem anos viram os clãs ninjas infiltrarem-se em todas as áreas econômicas e do governo.