Na primeira metade do século XVII, Portugal ainda dependia politicamente da Espanha, facto que, se por um lado exasperava os sentimentos patrióticos de um frei Antão, como mostrou Gonçalves Dias, por outro lado a ele se acomodavam os conservadoristas e os portugueses de pouco brio. D. Antônio de Mariz, fidalgo dos mais insignes da nobreza portuguesa, leva dentro do Brasil
uma colonização mais rigoroso no espírito de obediência à pátria. Representa, com sua casa-forte, elevada na Serra dos Órgãos, um baluarte na Colónia, a desafiar o poderio espanhol. Sua casa-forte, às margens do Pequequer, afluente do Paraíba, é abrigo de ilustres portugueses, afinados no mesmo espírito patriótico e colonizador, mas recebe inicialmente, com cordialidade, bandos de mercenários, homens sedentos de ouro e prata, como o aventureiro Loredano, ex-padre que assassinara um homem desarmado, a troco do mapa das famosas minas de prata. Dentro da respeitável casa de D. António de Mariz, Loredano vai pacientemente urdindo plano de destruição de toda a família e dos agregados. Nos planos, contudo, está o rapto da bela Cecília, filha de D. António, que é vigiada por um índio forte e corajoso,
Peri, que em recompensa por tê-la salvo de uma avalancha de pedras, recebeu a mais alta gratidão de D. António e mesmo o afecto da moça, que o trata como um irmão. A narrativa começa seus momentos épicos após o incidente em que Diogo, filho de D. António, inadvertidamente, mata uma indiazinha aimoré, numa caçada. Indignados, os aimorés procuram vingança: surpreendidos por Peri, enquanto espreitavam o banho de Ceci, para depois assassiná-la, dois aimorés caem transpassados por certeiras flechas; o facto é contado à tribo aimoré por uma índia que conseguira presenciar o acontecimento. A luta que se travará não diminui a ambição de Loredano, continuado a tramar a destruição de todos os que não o seguem. Pela bravura do homem português, têm importância ainda dois personagens: Álvaro, jovem enamorado de Ceci e não retribuído nesse amor. Aires Gomes, espécie de comandante de armas, leal defensor da casa de D. António. Durante todas as lutas, Peri, vigilante, não esquece dos passos de Loredano, frustrando todas suas tentativas de traição ou de rapto de Ceci. Muito mais numerosos, os aimorés vão ganhando a luta passo a passo. Num momento, dos mais heróicos por sinal, Peri, sabendo que estavam quase perdidos, procura uma solução tipicamente indígena: tomando veneno, pois sabe que os aimorés são antropófagos, desce a montanha e vai lutar "in loco" contra os aimorés: sabe que, morrendo, seria sua carne devorada pelos antropófagos e aí estaria a salvação da casa de D. António: eles morreriam, pois seu organismo já estaria de todo envenenado. Depois de dura luta, Peri é vencido e, sem forças, espera, armado, o sacrifício que lhe irão dar. Álvaro (a esta altura enamorado de Isabel, irmã adoptiva de Cecília) consegue heroicamente salvar Peri. Peri volta e diz a Ceci que havia tomado veneno. Perante o desespero da moça com essa revelação, Peri volta à floresta em busca de um antídoto, espécie de erva que neutraliza o poder letal do veneno. De volta, traz o cadáver de Álvaro morto em combate com os aimorés. Dá-se então o momento trágico da narrativa: Isabel, inconformada com a desgraça, suicida-se sobre seu corpo. Loredano continua agindo. Pensando completamente seguro, procura agora a morte de D. António e parte para a acção. Quando menos julga, é preso e condenado a morrer na fogueira, como traidor. O cerco dos selvagens é cada vez maior. Peri, se faz cristão, única maneira possível para que D. António concordasse, na fuga dos dois, os únicos que se poderiam salvar. Descendo por uma corda através do abismo, carregando Cecília entorpecida pelo vinho que o pai lhe dera para que dormisse, Peri, consegue afinal chegar ao rio Paquequer. Numa frágil canoa, desce rio abaixo, até que ouve o grande estampido provocado por D. António, que, vendo entrarem os aimorés em sua fortaleza, ateia fogo aos barris de pólvora, destruindo índios e portugueses. Testemunhas únicas do ocorrido, Peri e Ceci caminham por uma natureza revolta em águas, enfrentando a fúria dos elementos da tempestade. Cecília acorda e Peri lhe conta o sucedido. Transtornada, a moça se vê sozinha no mundo. Prefere não mais voltar ao Rio de Janeiro. Prefere ficar com Peri nas selvas. A tempestade faz as águas subirem ainda mais. Por segurança, Peri sobe ao alto de uma palmeira, protegendo fielmente a moça. Como as águas iam subindo perigosamente, Peri, com muita força, arranca a palmeira do solo, improvisando uma canoa. O romance termina com a palmeira perdendo-se no horizonte, não sem antes Alencar sugerir, nas últimas linhas do romance, uma bela união amorosa, semente de onde nasceria mais tarde a raça brasileira...
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